乳腺炎是奶牛中常見的疾病之一，由于產奶量降低和牛奶質量下降而給乳業造成經濟損失（Hertl等，2014）。牛支原體（M. bovis）是一種新發現的乳房病原體，可引起奶牛群的乳房內感染（IMI）（Nicholas and Ayling，2003； Maunsell等，2011）。牛支原體通常被分類為一種傳染性乳腺炎病原體，主要在擠奶過程中在奶牛之間傳播（USDA APHIS，2008； Ruegg，2012； Royster and Wagner，2015）。牛支原體可能引起亞臨床或輕度的臨床乳腺炎，并可能發展為慢性感染。但是，也可能發生嚴重的臨床乳腺炎暴發（Bushnell，1984； Pothmann等，2015； Ruegg和Erskine，2015）。牛支原體經常定居在呼吸道粘膜中，并可能引起呼吸道疾病（Rosengarten等，2000； Maunsell和Donovan，2009）。牛支原體引起的中耳炎和關節炎也發生在犢牛中（Maunsell等，2011）。在牛支原體陽性的奶牛群中，牛支原體感染傳播到犢牛的過程是通過含牛支原體的未經巴氏殺菌的生乳發生的（Maunsell和Donovan，2009）。牛初乳和生乳的熱處理或巴氏滅菌已被用于減少和消除可能的病原體，包括牛支原體（Stabel等，2004； Godden等，2006）。然而，據我們所知，尚無研究評估牛初乳中牛支原體的存在或流行，并將其作為從奶牛傳播到小牛的可能危險因素。

 幾十年前在北美和歐洲發現了支原體（Fox等，2005； Fox，2012），但是牛支原體乳房內感染（下稱IMI）的內部流行尚未得到廣泛研究。2014年在Murai等人進行的一項研究中，在兩個牛群中檢測到牛支原體IMI的牛群內感染率為2.8％（n = 1210，95％CI 1.9; 3.7）和0.6％（95％CI = 0.0，1.4） 。 此外，2014年11月在一個愛沙尼亞奶牛群中鑒定出牛支原體IMI的牛群內流行率為17.2％（n = 522,95％CI 14.1; 20.8）（Timonen等人，2017）。但是，目前還沒有公開的綜合研究來評估牛支原體IMI的內部流行，這將有助于人們對疾病模式的了解。聚合酶鏈反應（PCR）可快速檢測奶罐牛奶樣品和奶牛復合牛奶樣品（CMS）中乳房病原體的DNA，比細菌培養具有更高的靈敏度，并且無需事先進行細菌學檢查（Ghadersohi等，1999; Fox等。 ，2005； Koskinen等，2010）。 PCR應該是使用復合牛奶樣品（CMS）估算牛支原體IMI牛群內流行率的適當分析，因為它是一種經濟高效的診斷工具，對大型牛群具有足夠的敏感性（Muraiet等，2014）。如今，分子流行病學方法被用于識別奶牛場內和奶場之間的感染源，乳房病原體的感染和傳播（Gurjar等，2012）。多基因座序列分型（MLST）（Lysnyansky et al。，2016）和核心基因組MLST（cgMLST）（Haapala et al。，2018）已成功用于鑒定分離自患有乳腺炎的牛的牛支原體。對牛支原體菌株進行基因分型可以在牛群和動物水平上比較牛支原體菌株，并提供有用的工具來鑒定牛支原體的不同傳播途徑。這項研究的目的是通過使用合并的復合牛奶樣品，評估四個愛沙尼亞奶牛群中牛分枝桿菌IMI的牛群內流行情況。這項研究的第二個目的是通過使用復合牛奶樣品評估牛初乳支原體在牛初乳和臨床乳腺炎病例中的患病率。此外，該研究旨在比較從牛臨床乳腺炎單個乳房牛奶和犢牛呼吸道樣本中分離出的牛支原體的基因型。

來自愛沙尼亞大學和芬蘭食品管理局的科學家為了確定四個乳牛群中牛支原體（M.）乳房內感染（IMI）在牛群內流行情況的動態，估算初乳和臨床乳腺炎病例中牛支原體的患病率，并比較犢牛的呼吸道牛支原體菌株和母牛的臨床乳腺炎牛支原體菌株。在六個月的研究期內，在常規牛奶記錄過程中，采集了3次奶牛復合奶樣品（CMS），所有產犢牛的初乳樣品和臨床乳腺炎病例的單個乳房牛奶樣品。初乳樣品從患有呼吸系統疾病的小牛身上采集。采用丹麥DNA Diagnostic A / S公司的M4B qPCR檢測試劑盒（DNA Diagnostic A / S）檢測復合牛奶樣品中的牛支原體。在R統計程序中使用貝葉斯框架分析方法計算患病率估計值。 cg-MLST用于牛支原體基因分型。從奶牛和犢牛分離出的牛支原體菌株在畜群內存在，表明牛支原體可能在奶牛和牛犢之間傳播。 在六個月的研究期內，估計的牛支原體乳房內感染（IMI）的平均牛群內流行率在四個奶牛群之間變化范圍在0.4％至12.3％之間。 在地方性感染奶牛群中，牛支原體感染在牛初乳、臨床乳腺炎病例和乳房內感染（IMI）的患病率均較低。 從牛犢和牛身上分離出的牛群特異牛支原體菌株表明病原體在不同年齡的牛之間循環。此外，進一步的分子流行病學研究應評估牛支原體在奶牛群中的傳播途徑。

 在牛初乳和臨床乳腺炎病例中，牛支原體乳房內感染（IMI）和牛分枝桿菌的流行率在地方性感染奶牛群中較低。 從牛犢和牛身上分離出的牛群特異牛支原體菌株表明病原體在不同年齡的牛之間循環。 自從該疾病引入以來，應該在更長的時期內進行進一步的研究，以評估牛支原體乳房內感染（IMI）的動態。 此外，進一步的分子流行病學研究應評估牛支原體在奶牛群中的傳播途徑。